此时明云南税监矿使：杨荣，非但不悬崖勒马，改弦更张，反而还怙恶不悛，先将孝敬财宝不足的几位知府投入比刑部牢狱，还惨毒百倍的北镇抚司锦衣卫「诏狱」。
还将抗击开矿的明越州卫指挥使：樊高明，打断肋骨后戴枷示众，又以求马不获继续毒虐，残酷杀害居民数千人，又进一步以取马四十匹不足数为由，擅自逮捕了明平夷卫指挥使：贺瑞凤，且令明广南卫指挥使：于可继，等人大肆宣称要尽捕；云南前卫、云南后卫、云南左卫、云南右卫、云南中卫、曲靖卫，这六个卫的将领问罪。
弄得人人自危！
3月11日，明云南前卫指挥使：贺世勋、明曲靖卫指挥使：韩光大，等将领忍无可忍，带领冤民万余人，冲入杨矿税使的官署，放火焚烧，并杀死杨荣，为民申冤，还斩杀其党二百余人，释放奴隶百人。
明神宗：朱翊钧，得知明云南税监矿使被杀后，数日不进食，且欲逮问守土官，但经过明东阁大学士：沈鲤，再三劝解，以及明司礼监左少监：陈矩，详细分析利害，明神宗才怒气稍消，命令只杀明云南前卫指挥使一人。
4月初9日，因贵州承宣布政使司石阡府苗民长官使司有叛变行为，故此明贵州总镇巡抚：郭子章，就命明贵州总镇总兵：陈璘，率部一万人攻打苗民长官使司附近的水硍山。
攻克了水硍山之后，又移师到新添屯，独攻东路，又攻克后，苗民长官使司完全与外界切断，才安定下来投降明军。
5月13日，参加万历朝鲜战争的福建承宣布政使司漳州府漳浦县同里人士，明镇海卫守备：刘志迈，被罢回家之后，与明同里庠生：程可兆，等人暗中组织群众千余人，共图起事。
5月18日晚，刘志迈带领众人在漳浦县城教场上祭旗，约定于第二天发动起事，却不料遇大风雨，便改为5月25日，并分众人各自二百人于城内外相互呼应。
同里百姓：李调梅，得知此消息后，密告明漳浦县知县：黄应举，让他主持公道。
6月初6日，缅甸军民宣慰使司东吁王朝出动大军三十万人，围攻木邦军民宣慰使司都城，明木邦军民宣慰使：罕钦叔，向大明帝国云南承宣布政使司内地请救兵，结果明军兵未至而城陷。
缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主：底哈都拉摩诃达马亚扎（汉名：莽良渊）立孟密宣抚使：思礼，领其众由此木邦军民宣慰使司遂亡。
7月16日，明东阁大学士：沈鲤，上奏明神宗各大尚书要职以及
六部、都察院左右侍郎官员欠缺，又遇明刑科给事中：周日庠，上奏说九卿官员欠缺，明工科给事中：王元翰，论朝政说明神宗不上朝凡事交由内阁处理导致许多大臣们，都见不到皇帝一面，忠臣无法报效朝廷！并让明神宗下「罪己诏」被皇帝拒绝。
8月21日，在陕西承宣布政使司延安府绥德州米脂县河西200里的李继迁寨，一户穷苦李姓人家里出生了一个小孩，排名老大叫（李鸿基）他的父亲：李守忠，老来得子也算是福气。
李继迁寨距他的老家长峁鄢村60多里，这里在三百年前属于大宋皇朝附属国西夏王国地界，是西夏景宗西平王烈皇帝：李元昊，建国之处世代族人都属于北魏鲜卑拓拔氏党项族后裔居住地。
9月初6日，明漳浦县知县：黄应举，经过一番策划调兵后，采取了封闭城门，大肆搜捕，把叛逆：程可兆，等十余人抓捕归案。
次日在城外的刘志迈知事已败，随即逃遁而去。
9月18日，在陕西都指挥使司延绥总镇榆林卫旧安边营柳树涧堡，一户卖猪肉的屠夫：张快，人家出生了孩子，因排名老八，且是由偏房：沈氏，所生故此取名为（张敬轩）也因家境贫寒且边境时常遭遇袄儿都指挥使司河套部蒙古铁骑入侵，使得张快家业破产。
其子女八人与其偏房，一起沦落到了靠卖草鞋、卖红枣，的地步为生，为此还饿死了4个孩子！
9月18日，河南承宣布政使司归德府永城县百姓：刘天绪，流动于南直隶凤阳行都督府临淮县朱龙桥，信奉无为教，抬集教民千余人谋划起事，自称为「李王」还制造〈妖书〉出山，声言冬至日［李王］出世。
并与众徒们购造弓刀器械、勇巾红服，李王：刘天绪，自号为〖龙华帝君〗余者各封官爵。
11月初1日申时，云南承宣布政使司临安府建水州发生地震，从下午申时三刻开始，由远而近声若雷响，城垣庙宇官府及民居相继倒塌，死者数千人。
府学、尊经阁、启圣祠、乡贤祠、名宦祠及万历二十七年新建的两舍，俱皆倒塌，临安府学宫及公私廨舍，倒坏无数，杏坛亦倒塌，连震数月方止，震中烈度（Io）VIII－VX，震级（M）为6.5级。
同时李王龙华帝君：刘天绪，还约定于12月23日，长至日乘官祭陵之机起事，后因其众：陈继学，等人惧怕事发祸及，先期告变。
被明南直隶兵部尚书：孙钅广，于12月18日，发兵捕获无为教徒四十九人，杀刘天绪一人
，其余发配边疆充军。
再次上任的明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，因守不住东边建州八部之一董鄂部放牧地的宽甸六堡，遂与明蓟辽总督：蹇达、明辽东总镇巡抚：赵楫，商议放弃该地，将堡内的六万户居民全部迁到内地抚顺守御千户所，凡留恋家室，不愿迁徒者，即动军队用武力强迫他们迁居，造成死亡者不计其数，还命令辽东明军后退三十里！
此事被明兵科给事中：宋一韩、明都察院湖广道监察御史兼辽东总镇巡按：熊廷弼，两人上奏称“弃地非良策，应当分兵把守。”
还大骂明辽东总镇总兵不负责任，对此明神宗俱不听，而是继续采用了明辽东总镇总兵的建议！至此辽东都指挥使司屏障尽被撤除。
幸亏此时女真诸部族的首领人物，相继死亡，又加上朝廷重开辽东都指挥使司开原卫、广宁卫，之间的马市和木市，使得各族人民友好往来，于是八年时间内辽东都指挥使司平静少事。
不过明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）也趁机把势力扩张到了明军防线，并借此机会
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